质量与数据整理
检查输入格式、样本对应、细胞质量及潜在双细胞问题。阈值结合组织、平台和数据分布评估，不机械套用固定数值。
01
图解：从细胞状态到候选假设
以条件比较为例，理解单细胞数据如何支持后续研究。
查看图示 01 · 从研究设计开始
以样本或患者为比较单位，先核对分组与配对。
查看图示 02 · 理解细胞状态
结合注释与功能变化，寻找值得复核的细胞状态。
查看图示 03 · 形成验证方向
把候选联系整理为可继续检验的问题。
以上图片均为分析思路示意，非真实项目结果。具体方法与交付根据数据条件确认。
02
从基础流程到问题驱动分析
降维、聚类与细胞注释
在适合的归一化、特征选择和整合策略下开展探索；结合标记基因与组织背景核对注释。
比较与功能解释
按研究设计讨论细胞比例、差异表达与通路分析。拟时序、细胞通讯等扩展模块须评估数据条件后约定。
03
提交数据前，先核对这份清单
| 资料 | 需要说明的内容 | 为什么需要 |
|---|---|---|
| 数据文件 | FASTQ、计数矩阵或已处理对象；注明测序平台与处理阶段 | 确定能够开展的质控与分析范围 |
| 样本信息表 | 样本编号、分组、物种、组织与已知批次 | 避免文件和分组对应错误，评估批次混杂 |
| 比较目标 | 关注细胞、比较关系与已有研究线索 | 让注释和下游分析围绕实际问题展开 |
| 已有处理记录 | 参考版本、软件版本、过滤方法与已知异常 | 保证上游与后续结果可解释、可追溯 |
首次沟通可提供去敏后的文件清单和样本表结构，正式数据传输方式与访问权限另行确认。
04
建议在方案中明确的交付清单
可核查的数据结果
样本与细胞质控汇总、注释依据、结果表及分析对象；具体文件格式、大小和中间产物在方案中确认。
图与方法说明
质量分布、低维嵌入、标记基因等图表，配套软件版本、参数、参考来源和结果解读。
局限与验证建议
标明样本量、批次混杂、注释不确定性等限制。细胞层面的统计不能简单替代独立样本证据。
05
从需求到下一步
- 核对矩阵和样本信息
- 评估质量与整合策略
- 注释核查及研究问题分析
- 交付图表、说明与复核记录
常见问题
只有处理后的矩阵，可以分析吗？
可以先评估。需提供矩阵类型、特征名称、样本信息与上游处理记录；缺少原始数据时，部分质控或重处理步骤可能无法执行。
能保证得到预期差异或机制吗？
不能。分析结论受数据和设计限制，不承诺显著性、特定机制或论文发表。
如何确认费用和交付时间？
请提供数据类型、规模、任务目标与时间要求。服务范围、配置、报价及交付周期经沟通确认后确定，不以本页示例替代正式约定。
